La pipeta s'ha de mantenir regularment segons la freqüència d'ús, però almenys cada 3 mesos, comproveu la pipeta per si hi ha pols i brutícia, presteu especial atenció al con de la boca. El manteniment a llarg termini requereix la neteja de l'interior de la pipeta i ha de ser desmuntat per personal format i qualificat.
1. Neteja de la pipeta
La neteja interna ha de desmuntar primer la part inferior de la pipeta. Les peces desmuntades s'han de fregar amb aigua sabonosa, detergent o alcohol isopropílic al 60 per cent, després esbandir-les amb aigua destil·lada doble, assecar-les i després recobrir-se amb un cotó a la superfície del pistó. Apliqueu una fina capa de silicona lubricant; els segells generalment no necessiten neteja.
2. Esterilització de pipetes
Es pot esterilitzar mitjançant esterilització convencional a alta temperatura i alta pressió o esterilització per irradiació ultraviolada.
3. Eliminació d'àcids nucleics contaminants a la pipeta
Remullar les mànigues interiors i exteriors desmuntades de la part inferior de la pipeta a la solució de neteja a 95 graus durant 30 minuts, després esbandir les mànigues amb aigua destil·lada doble, assecar-les a 60 graus o completament seques i, finalment, posar-les al pistó. Aplicar lubricant (silicona) a la superfície i muntar les peces.